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% kapitel\methoden.tex %
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\chapter{Methoden}

Hier werden die verwendeten Methoden näher beschrieben, sachlich und unpersönlich, so daß man darauf später im Text nicht noch einmal eingehen muss.
Zum Anfang sollte ein kurzer Überblick über den Gesamtablauf und die nacheinander folgenden Methoden gegeben werden:
Im Rahmen dieser Arbeit sollen unterschiedliche Genotypen von SNPs analysiert werden. Dies erfolgt mit Hilfe der Massenspektrometrie. Dazu ist es nötig zuerst den den SNP umgebenen Teil der Chromosomen-DNS zu vervielfältigen. Dies wird durch Amplifikation in einer PCR-Reaktion erreicht. Für die PCR-Reaktion müssen zuvor zwei Primer designt werden, die jeweils auf einer Seite des SNPS binden. Nach der Vervielfältigung erfolgt ein Verdau zur Beseitigung von störenden Molekülen, wie der Nukleotide. Im Anschluß wird die SBE durchgeführt. Hierbei bindet ein entsprechender Primer genau eine Base vor dem SNP. Wird dieser Primer durch ein Enzym komplimentär dem Genotypen des SNPs verlängert ändert sich dessen Masse je nach angehangener Base. Nach einem Reinigungsschritt ist es möglich die Masse des verlängerten Primers und somit den SNP-Typen im MALDI-TOF analysieren zu können.

Eine Unterteilung kann dann beispielsweise so erfolgen:

\section{ SNP-Findung }
Hier kann man etwas zu den Methoden der SNP-Findung schreiben. Eine weitere Unterteilung bietet sich an:

\subsection{ Gen-Selektion }
Mit Hilfe des Pub-Med System wurden \dots

\subsection{ Haploview }
Das Programm Haploview ermöglicht es \dots

\section{ Primer-Design }
Sowohl die PCR als auch die SBE Reaktion erfordern das kreieren spezifischer Primer \dots

\subsection{ PCR-Primer }
Ein Programm auf java Basis ermöglicht \dots

\subsection{ SBE-Primer }
Mini-SBE ist ein Tool mit dem sich \dots

\section{ PCR }*

\section{ Verdau }

\section{ SBE oder PEX }

\section{ Reinigung }

\section{ MALDI-TOF }

\section{ statistische Auswertung }

-- JanaWeiss - 24 Jun 2005
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